有的牛奶蛋白過敏和乳糖不耐受一樣，會出現腹瀉，家長換了無數個品牌后仍然找不到原因，也許是把這兩種原因引起的腹瀉弄混淆了，用錯了解決措施，長期下去勢必會影響寶寶的生長發育。
牛奶蛋白過敏
牛奶蛋白引起的過敏癥狀是一種免疫調節過激反應。體內抗體對異蛋白不識別，出現的排異現象，當調節出現紊亂時便表現為過敏。
分為兩種表現情況：
第一種是首先發生于皮膚，飲用牛奶粉后皮膚會快速發紅或者長疹子（濕疹），接著可能是呼吸道不適甚至引發支氣管炎，一部分會相繼出現腹瀉。
第二種是先出現腸道不適，腹瀉一段時間后皮膚開始出現紅疹，較為常見的為濕疹。
牛奶配方奶粉或羊奶配方奶粉中同樣含有致敏性的酪蛋白和β-乳球蛋白，研究表明羊奶中含量稍低，輕微過敏的孩子在選擇羊奶后，過敏反應減輕；嚴重者建議選擇深度水解蛋白配方奶粉、氨基酸配方奶粉等；有家族過敏史，又不能母乳喂養的寶寶，從出生開始就可以選擇這類不含完整牛奶蛋白的奶粉。
乳糖不耐癥
乳糖不耐受并不是過敏現象，是指人體不能合成乳糖酶，或者因腸道疾病短期不能合成乳糖酶，導致腸道對乳糖不能消化吸收，出現腹瀉現象。
表現為腹部緊張、疼痛、腹瀉等胃腸道癥狀，先是腹部不適，有咕嚕咕嚕的響聲，接著出現腹瀉，大便酸臭略帶泡沫，一天可以拉數次，只要不再接觸有乳糖的食物，會自行恢復。
長期乳糖不耐受會導致營養不良，先天性不耐受者（原發性），盡量避免攝入乳糖，或長期服用乳糖酶，因疾病引起的不耐受（繼發性），可以通過接觸乳糖，刺激乳糖酶合成，一般7-15天可以恢復耐受能力。
人類腸道中的乳糖酶在嬰幼兒時期分泌較多，隨著年齡增長，對奶制品攝入減少甚至不再攝入時，乳糖酶分泌會減少，再次喝奶就會出現乳糖不耐受。有些嬰幼兒失去乳糖酶的時間比較早，或者是先天性乳糖不耐受，可以使用大豆基粉的無乳糖配方奶粉，或者長期添加乳糖酶和益生菌改善乳糖的消化吸收能力。
乳糖不耐受和牛奶蛋白引起胃腸道過敏的腹瀉較易混淆。牛奶和母乳的主要糖類都是乳糖，有些嬰幼兒由于不能消化乳糖就會產生和牛奶過敏的嬰兒類似的胃腸道反應，要結合其它癥狀鑒別：
一是看大便性狀判斷，乳糖不耐受大便帶有泡沫，酸臭明顯；牛奶過敏的大便除了不成型，奶瓣可為蛋花狀，膏粒狀，無明顯泡沫。
二是看腹瀉后是否伴隨出疹子，乳糖不耐受無疹子出現；牛奶過敏腹瀉后相繼出現疹子，但是寶寶同時為乳糖不耐受或牛奶蛋白過敏時，兩者的癥狀會同時出現。建議選擇無乳糖水解蛋白奶粉。
三是看吃母乳的適應情況，乳糖不耐受吃母乳仍然會腹瀉，而牛奶過敏引發的癥狀減輕或不再有過敏反應。
四是皮膚測試，牛奶蛋白過敏嚴重的孩子，將牛奶液涂抹在寶寶皮膚，比如嘴角、耳背等表皮薄的部位會立即發紅，這類只對皮膚敏感的寶寶奏效，可以在家中做。
為了更準確判斷過敏源
也可以去醫院進行排查，常常用到是皮膚點刺法和血液檢查。
接觸了牛奶后的寶寶，如果體內產生了牛奶蛋白的抗體（IGG或IGE），說明對牛奶蛋白過敏，如果沒有這類抗體，說明對牛奶蛋白不過敏。這就是為什么有的寶寶出生時吃了幾次牛奶沒有過敏反應，吃一段母乳后再吃牛奶卻過敏了，因為那時抗體還沒有達到致敏的程度。
而有一類寶寶第一次接觸牛奶的就過敏，是因為在胎兒期或是哺乳期，媽媽接觸牛奶后產生的抗體通過胎盤或母乳傳遞給寶寶所致。